Ein abgerundetes Erklärungsgebäude für ENSO liegt gegenwärtig trotz des guten Verständnisses der einzelnen Abläufe noch nicht vor. Alle glaubwürdigen Theorien beinhalten Wechselwirkungen zwischen dem Ozean, der Atmosphäre und äquatorialen Ozeanwellen. Manche Wissenschaftler betonen eher den meteorologischen, andere den ozeanographischen Aspekt des gekoppelten meteorologisch-ozeanographischen ENSO-Phänomens.